IDA Pro ma dużą liczbę wbudowanych funkcji, narzędzi i funkcjonalności; jednakże, podobnie jak w przypadku wielu złożonych aplikacji, przy pierwszym uruchomieniu należy się uczyć. Wiele z tych opcji nie jest dostępnych w bezpłatnej wersji IDA. Zaczniemy od najbardziej podstawowego ustawienia preferencji, czyli schematu kolorów, a następnie omówimy niektóre z bardziej przydatnych funkcji. IDA Pro oferuje różne predefiniowane opcje ze schematem kolorów. Aby ustawić te opcje, kliknij menu Opcje, a następnie Kolory. Na rysunku pokazano menu rozwijane i opcje kolorów IDA.
Możesz wybrać pomiędzy domyślnym, darcula i ciemnym. Opcja ciemna dotyczy w całości IDA Pro. Opcja darcula dotyczy tylko okna demontażu. Rysunek pokazuje przykład trybu ciemnego.