Flagi sekcji (określone w polu sh_flags) opisują dodatkowe informacje o sekcji. Najważniejszymi flagami dla celów tutaj są SHF_WRITE, SHF_ALLOC i SHF_EXECINSTR. SHF_WRITE wskazuje, że sekcja jest zapisywalna w czasie wykonywania. Ułatwia to rozróżnienie między sekcjami zawierającymi dane statyczne (takie jak stałe) a tymi, które zawierają zmienne. Flaga SHF_ALLOC wskazuje, że zawartość sekcji ma zostać załadowana do pamięci wirtualnej podczas wykonywania pliku binarnego (chociaż rzeczywiste ładowanie odbywa się przy użyciu widoku segmentu pliku binarnego, a nie widoku sekcji). Na koniec SHF_EXECINSTR informuje, że sekcja zawiera instrukcje wykonywalne, co jest przydatne podczas deasemblowania pliku binarnego.